In linea con la piena equiparazione tra fattura analogica ed elettronica, i contribuenti non sono tenuti ad adottare registri sezionali/sotto sezionali ai fini della registrazione e della conservazione delle fatture elettroniche e analogiche, potendo avvalersi di modalità di conservazione sia elettroniche - obbligatorie per le fatture elettroniche ai sensi dell'articolo 39 del D.P.R. 26 ottobre 1972, n. 633 – sia analogiche.
Inoltre, la numerazione delle fatture elettroniche e di quelle analogiche può, come già chiarito dalla risoluzione n. 1/E del 10 gennaio 2013, proseguire ininterrottamente, a condizione che sia garantita l'identificazione univoca della fattura, indipendentemente dalla natura analogica o elettronica. Così, ad esempio, alla fattura numero 1 analogica, possono succedere la numero 2 e 3 elettroniche, la numero 4 analogica e così via, senza necessità di ricorrere a separati registri sezionali, fermo restando il rispetto del sopra richiamato articolo 39.
Fonte: Agenzia delle Entrate